وصف آية الله حسين المؤيد من مراجع الشيعة في العراق دور النظام الايراني في العراق سلبياً جداً وقال: نحن نعتقد أن الدور الايراني دور سلبي للغاية وأنه ما لم يتم الوقوف أمام التدخل الايراني في العراق لا يمكن تحقيق الاستقرار والامن في العراق ولا يمكن بناء دولة حديثة على أساس المشروع الوطني العراقي لأن بناء دولة حديثة على أساس المشروع الوطني العراقي هو أمر يراه النظام الايراني مضراً بمصالحه في المنطقة.
وقال سماحة الشيخ حسين المؤيد في حوار مع قناة الجزيرة حول المفاوضات بين النظام الايراني وأمريكا: نحن لا ننظر الى مثل هذه الدعوات بايجابية ونحن نعتقد أن مصير العراق ومستقبل الشعب العراقي لابد أن يتقرر وطنياً بعيداً عن الصفقات السياسية التي تجري على مستوي دولي واقليمي.
وأضاف آية الله حسين المؤيد أننا سنعلن قريباً عن مشروع الميثاق الوطني العراقي الذي يتضمن برنامجاً سياسياً وطنياً تجتمع عليه كل القوى والشخصيات الوطنية. هذا البرنامج السياسي يضم فيما يضم من مفردات نقاط مهمة منها اننا لا نسعى فقط الى اخراج الوجود العسكري للمحتل وانما نعمل على تحرير قرار السياسي العراقي من الهيمنة الاجنبية سواء كانت دولية أو اقليمية مععاكسة لمصلحة الشعب العراقي وللمصلحة العربية ونعمل على تحرير ارادة الشعب العراقي