أثار طلب المدعين العامين في حكومة الارجنتين الاتحادية لاصدار مذكرة اعتقال بحق رفسنجاني وعدد آخر من كبار مسؤولي النظام الايراني بتهمة تورطهم في تخطيط وتنفيذ التفجير الارهابي عام 1994 في بوينس آيرس (أثار) قلق الحكومة الايرانية. وقال ناطق باسم الخارجية في حكومة الحرسي احمدي نجاد: ان بعض المسؤولين في القضاء الارجنتيني أطلقوا موجة جديدة من التهم ضد الجمهورية الاسلامية بتفعيل ملف عام 1994 واتهام ايران بالتدخل في عملية تفجير الارجنتين. وزعم الناطق باسم خارجية النظام الايراني ان هذا الطلب عملية ”لشحن الأجواء“ ترمي الى تضليل الرأي العام الارجنتيني. وقال الناطق باسم الخارجية بلغة التهديد: من الضروري أن يبتعد المسؤولون المعنيون في الارجنتين عن الأخطاء السابقة. 
وأكد حكام طهران زعمهم عبر قناة الاخبار أيضا وقالوا ان اعادة تفعيل الملف وتكرار الادعاءات العارية عن الصحة بتدخل ايران جاءت نتيجة الضغط الذي تمارسه أمريكا على الحكومة الارجنتينية.
اذاعة النظام الايراني هي الأخرى علقت على الموضوع وأنكرت تدخل النظام في التفجير الارهابي في الارجنتين من ناحية أخرى كتبت صحيفة لاناسيون الارجنتينية تقول: «ان المسؤولين في النظام الايراني حينذاك اتخذوا قراراً بعمل تفجير في الارجنتين عقب قرار الحكومة الارجنتينية بوقف نقل التقنية والتجهيزات النووية الى ايران
. وقال محلل الصحيفة: ان قرار المدعي العام الارجنتيني الخاص يعتبر اعلان حرب من وجهة نظر النظام الايراني وعلينا أن نتوقع رد فعل قوي من قبل النظام.
يذكر أن المدعين العامين في الحكومة الارجنتينية اتهموا رسمياً كل من رفسنجاني و7 من الوزراء وكبار السلطات الايرانية في عهده وهم علي اكبر ولايتي وزير الخارجية وعلي فلاحيان وزير المخابرات ومحسن رضايي قائد قوات الحرس آنذاك واحمد وحيدي قائد فيلق القدس الارهابي ومحسن رباني واحمد رضا اصغري دبلوماسيي النظام وعماد فايض المغنية القائد السابق لجهاز الامن في حزب الله اللبناني بتخطيط وتنفيذ هذا العمل الارهابي في عام 1994 مطالبين باصدار مذكرة اعتقال بحقهم.